残念ながらバグフィックス（8.0.2）でもこの問題は直りませんでした。
EUCの場合においては、英字で¥を入力後保存すると、再度開いたときに全角の￥に変換されていました。

本来はバックスラッシュに変換するべきなのですが、どうも上手く行かないようです。なので、バックスラッシュが必要になるプログラム等では、他のテキストエディタで編集するしかなさそうです。
（DW MX 2004 7.0.1で確認しましたが、こちらではちゃんとバックスラッシュとして保存されます。）

この問題は、アドビのフォーラムを見るとMac OS X 10.4.6 で GoLive 6.0.1の環境でもおこっているようです。