残念ながらバグフィックス（8.0.2）でもこの問題は直りませんでした。
EUCの場合においては、英字で¥を入力後保存すると、再度開いたときに全角の￥に変換されていました。

本来はバックスラッシュに変換するべきなのですが、どうも上手く行かないようです。なので、バックスラッシュが必要になるプログラム等では、他のテキストエディタで編集するしかなさそうです。
（DW MX 2004 7.0.1で確認しましたが、こちらではちゃんとバックスラッシュとして保存されます。）

この問題は、アドビのフォーラムを見るとMac OS X 10.4.6 で GoLive 6.0.1の環境でもおこっているようです。

Dreamweaverのドキュメントタイプを編集するには、Configuration/DocumentTypes/MMDocumentTypeDeclarations.xml を編集する。

英字入力モードで¥を入力した場合、Shift_JISはバックスラッシュ（\）として認識されましたが、UTF-8やEUCでは認識されません。

バックスラッシュは日本語モードでoption+¥で入力できます。見た目は¥ですが、バックスラッシュを表示できるアプリケーションに持っていくと、ちゃんとバックスラッシュになっています。見分けがつかないので、プログラムの入力やCSSハックなどをする場合は別のエディタを使う事をお勧めします。
この件に関しては、マクロメディアに報告・検証確認済みです。

2006年1月16日に英語版のバグフィックス（8.0.1）が出ていますが、直っていると期待しています。